出入境检验检疫项目众多，其中分子检测项目分布在卫生检疫、微生物检疫、动植物检疫、进出口食品安全检验等业务场景。
微生物检测项目，涉及到各类食品、保健品、轻工业产品、饲料、化妆品等商品，具体检测项目包括：大肠埃希氏菌，单核细胞增生李斯特氏菌，沙门氏菌，金黄色葡萄球菌，大肠菌群，粪大肠菌群，肠杆菌科，志贺氏菌，绿脓杆菌，溶血性链球菌等致病微生物。其中，对于进出口粮食还额外增加黄绿青霉、岛青霉、桔青霉等霉菌类检测。
对于食品安全检验，除了以上对于致病微生物的检测之外，还提供对玉米、大豆、小麦、大米、马铃薯等大宗粮食品类的转基因成分检测，以及各类食品源性成分检测，如：鸽子、狐狸、狗等动物源性成分检测和花生、胡桃、萝卜等植物源性成分。
动物检疫项目，涉及到对各类禽类、哺乳类、水生动物类等动物疫病的检测，具体检测项目包括：禽流感、新城疫、非洲猪瘟、猪流行性腹泻、布氏杆菌病、鲤春病毒病、对虾杆状病毒病、对虾白斑病、犬瘟热等。
出入境检验检疫还负责卫生检疫，对出入境的人员、交通工具、运输设备以及可能传播检疫传染病的行李、货物、邮包等物品实施检疫以监测传染病疫情，具体检测项目包括新冠病毒、登革热病毒、黄热病病毒以及各类传染性疾病。
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